Коллекцию музея начали испанские короли еще во времена Карла V и Филиппа II (его сына). Его восхищали работы некоторых великих художников той эпохи: Тициана, Веронезе, Тинторетто и других. В дальнейшем отдельные представители правящих династий Бурбонов и Габсбургов лишь пополняли королевское собрание шедевров. Речь идет, в частности, о Рубенсе, Эль Греко, о великих испанцах Гойе и Веласкесе.

Само здание музея построил архитектор Хуан де Вильянуэв в 1785 году по заказу Карла III, короля Испании, для государственных нужд. А вот функционировать здание начало лишь при внуке Карла III Фердинанде VII, который и превратил его в Королевский музей скульптуры и живописи, сегодня известный всему миру как Прадо. Непосредственно масштабная галерея открылась в ноябре 1819-го. Тогда целью музея была обычная демонстрация всего богатства коллекции, принадлежащей королевскому дому Испании, а также одновременное доказательство того, что школа испанской живописи нисколько не уступает другим традициям и школам Европы. Хотя спорить и с тем, и с другим довольно сложно.

На период открытия музейная коллекция состояла из 311 работ. Именно тогда музею было присвоено его сегодняшнее название — Прадо. Этим именем хотели подчеркнуть, что музей исторически связан с той картинной галереей, которая была когда-то организована в загородной резиденции королей Испании.

В развитии музея Прадо активным образом принимала участие королева Исабель де Браганса. Несмотря на то, что правитель Фернандо VII не смог сделать время своего правления эпохой успехов страны, но, тем не менее, именно в этот период был создан художественный музей, который с полным правом можно отнести к величайшим музеям планеты.

За истекшие два столетия музей претерпел немало изменений и модификаций. В 1826-1827 г.г. музей получил полотна, которые до этого хранились в академии Сан Фернандо. С 1836-го в Испании часто закрывались монастыри и учебные заведения при церквях, а художественные ценности, принадлежавшие им, изымались и направлялись в монастырь Ла Тринидад. Именно здесь в 1838 г. был создан Национальный музей. Через некоторые время экспонаты этого музея переехали в музей Прадо. Таким образом, в 1868-ом Королевский Музей Прадо переименовали в мадридский художественный Музей Прадо.