Здание, в котором располагается в настоящее время Национальный Музей Прадо, было построено по приказу испанского короля Карлоса Третьего в 1785 году по проектам испанского архитектора Хуана де Вильянуэва. В этом здании король собирался расположить свой Кабинет Естественной Истории. Однако строительство здания не было закончено до прихода к власти внука Карлоса Третьего – Фердинанда Седьмого, жена которого – королева Мария Изабель де Браганза, решила разместить в здании и новый Королевский Музей Картин и Скульптур. Этот Королевский Музей, который впоследствии получил новое название Национальный Музей Прадо, открыл свои двери для публики в ноябре 1819 года.

Этот музей был создан, преследуя две цели: во – первых, продемонстрировать уникальную коллекцию картин и скульптур, принадлежавших испанской королевской семье, а также продемонстрировать всей Европе и миру, что испанская школа живописи и скульптуры ни в чем не уступает другим «национальным» европейским школам. Тогда же в 1819 году был опубликован первый музейный каталог, однако, он был полностью посвящен испанской живописи, и включал 311 картин, хотя на тот момент коллекция музея уже включала 1510 картин других школ.

Королевская коллекция картин, которая представляет собой ядро коллекции современного Музея Прадо, начала значительно увеличиваться в 16-ом столетии, во времена правления Карлоса Пятого и продолжала при последующих правителях из династий Габсбургов и Бурбонов. Именно усилиями испанских королей и королев коллекция была обогащена шедеврами мирового искусства, среди которых картины Эль Греко, Рафаэля, Тинторетто, Дюрера, Веласкеса, Рубенса и Гойи. Кроме приобретений королевской семьи коллекция Музея Прадо была также обогащена коллекциями закрытых в середине 19-ого столетия других музеев, многочисленными пожертвованиями и наследствами.

После смещения с трона Изабеллы Второй в 1868 году, музей был национализирован и тогда же он получил свое современное название. Постепенно здание музея становилось слишком маленьким для растущей коллекции, и в 1918 году было проведено первое расширение музея – было построено несколько павильонов позади здания в период между 1900 – 1960 годами, а также к музею были присоединены соседние здания.