Безусловно, Испанская школа живописи представлена в коллекции Музея Прадо наиболее широко, начиная с картин 12-ого столетия и до 19-ого столетия, включая картины великих Гойи, Веласкеса, Эль Греко, Мурильо, и многих других великих испанских художников. Благодаря такой обширной коллекции Музея Прадо в настоящее время является самым большим музеем испанской живописи в мире, насчитывая более 4 800 картин. Наиболее хорошо в коллекции Музея Прадо представлены гении испанской школы – Веласкес и Гойя. Коллекция картин Веласкеса в Музее Прадо насчитывает около 50 полотен, почти все из которых находились ранее в королевской коллекции.

Коллекция работ Гойи также достаточно большая, включает более 140 картин. Несмотря на то, что этот живописей в течение многих лет работал, как придворный живописцем, только несколько его работ находились в королевской коллекции, в частности, Семья Карлоса Четвертого. Когда Музей открылся, Гойя был еще жив, и только после его смерти некоторые директора музея приложили усилия, чтобы пополнить коллекцию работами этого гения, в частности, найти и приобрести его рисунки.

Среди романской живописи в Музее Прадо наиболее важными являются фрески из Сан Бауделио де Берланга и Санта Круус де Мадеруэло. Коллекция Музея Прадо включает одну из самых обширных и редких коллекций испанской живописи Эпохи Возрождения, включая Святую Катерину кисти Фернандо Яньеса и Последний ужин Хуана де Фландеса. Однако самым почитаемым творцом этого периода в истории испанской живописи принято считать Эль Греко. Его работы, конечно, представлены в коллекции Музея Прадо, из «итальянского» периода только две картины, все остальные, около 30, работы были созданы этим киприотских художником уже в Испании и прославили испанскую школу живописи.