Изначально в одной из самых известных галерей мира экспозиция была представлена самыми разнообразными вещами. Так, например, живописные шедевры соседствовали здесь с ракушками необычной формы, рядом с оружием можно было легко обнаружить античную статую, а результаты работы умелых и не очень таксидермистов помещались рядом с археологической находкой. Необходимо заметить, что такое положение дел сохранялось в будущей галерее только до восемнадцатого столетия. Конечно, срок это был немалый, однако лучше, как говорится, поздно. Именно в восемнадцатом веке было принято историческое решение о реорганизации своеобразной кунсткамеры в самый настоящий музей, который будет посвящен и науке, и искусству, однако они будут здесь разграничены, равно как и стили экспонатов. К сожалению, в тот момент галерея лишилась нескольких экземпляров, которые были переданы в фонды учебных заведений, обучающих различным изящным искусствам.

Говорить о настоящей систематизации коллекций в запасниках будущей публичной галереи можно только начиная с девятнадцатого столетия, поскольку именно тогда произошло их разделение не только по жанрам, но также и по художественной принадлежности. Необходимо заметить, что коллекции галереи Уффици также во многом поспособствовали пополнению фондов многих других музеев. В качестве примера можно назвать такие музеи, как военный, а также ювелирного искусства.  Во многом поспособствовали систематизируемые фонды галереи также созданию совершенно особенного музея, а именно современной науки. Некоторые экземпляры галереи стали краеугольным камнем в основании музея археологического.

Однако до звания национальной галереи в то время было еще далеко, поскольку это звание стало возможным получить только после того, как завершилась Первая мировая. Именно этот факт сделал возможным получение многих живописных и не только шедевров в фонды Уффици. Со временем в фонды галереи Уффици также начали поступать частные коллекции, для которых выделены особые залы. Необходимо заметить, что до конца коллекция не систематизирована и в наши дни, процесс этот продолжается, поскольку идет обмен фондами с еще одной крупной итальянской галереей.