Идея открытия этого музея пришла в голову короля Карлу III. Так в 1775 году он отдал распоряжение своему архитектору по имени Хуан де Вилльануэва возвести Музей натуральной истории, для этого им было выделено даже место, находящееся в центре парка Прадо. Однако  здание, выполненное в классицизме, присущем тогдашней Испании, было так и не достроено. Король скончался в 1788 году. Преемником его стал Карл IV, который, стоит отметить, был весьма далек до истории,  и культура его интересовала мало.После пришло время наполеоновских вторжений.  И лишь в 1814-м году музей, который в ходе войны очень сильно был разрушен, было  решено все же достроить. Через пять лет, после этого решения, королева Мария Изабелла, будучи первой леди Испании и женой короля Фернандо VII, открыла в этом музее большую картинную галерею. Музей Прадо открывался под лозунгом, что главная его целью  — обеспечение получения населением знаний, воспитание в каждом эстетического и художественного вкуса, как у начинающих художников, так и  профессоров в этой сфере деятельности, кроме того, эти же цели распространяются и на  иностранцев,  дабы обеспечить Испании всемирную славу, которой она, несомненно, достойна.

Сегодня и само здание этого замечательного музея, является историческим памятник архитектуры.  Изначально  в музее было представлено чуть более 300 картин. Каждую картину выбирали, основываясь на строгих критериях и правилах,  к примеру, нельзя ни при каких обстоятельствах вывешивать картины с изображением обнаженных тел.

С течением времени экспозиция музея все более увеличивалась, так в нее начали входить картины не только испанских, но и иноземных художников.

Собственно самый расцвет и наибольшее пополнение  коллекции случилось в период правления Филиппа IV. В то время немаловажную роль в судьбе музея сыграл художник при дворе короля Веласкес, который также являлся ведущим советником его величества по вопросам покупки предметов творчества и искусства. Фонд этого музея постоянно пополнялся благодаря произведениям, которые изымались из монастырей. Немаловажный  вклад, несомненно, бы внесен частными меценатами. К примеру, самая первая картины музея, поступившая в его распоряжение  в 1829 году  — «Распятие Христа» того самого Веласкеса, была дарована музею герцогом Сан Фердинандо.